Kelurahan Sempaja Timur adalah salah satu kelurahan yang dibentuk pada Tahun 2014, sesuai dengan Peraturan Daerah Kota Samarinda Nomor 6 Tahun 2014 tentang Pemekaran Kelurahan Dalam Wilayah Kota Samarinda.

Kelurahan Sempaja Timur adalah pemekaran dari Kelurahan Sempaja Selatan yang saat ini terbagi menjadi 3 (tiga) Wilayah Kelurahan.

Kelurahan Sempaja Timur memiliki 54 (lima puluh empat) wilayah Rukun Tetangga (RT) dengan populasi penduduk ± 25.874 jiwa.